位于南宁市人民公园的白龙湖东侧。占地面积8000平方米。前身为1934年7月成立的广西博物馆的自然科学部，1987年3月2日筹建，1988年分出独立建制，1989年1月1日正式开馆。1999年被科技部命名为全国科普教育基地。2000年被国家文物局列为全国重点博物馆。内设办公室、地学部、生物部、展教部、保管部、保卫科等机构。年均观众达5万人次。

参加中美合作的百色旧石器研究成果与“纳米技术”、“人类基因组”、“夏商周断代工程”等一起，被中国科技部评为“2000年中国基础科学研究十大新闻”。赵仲如研究馆员荣获“1992年政府特殊津贴”殊荣；王頠博士荣获“2006年政府特殊津贴”殊荣。

历任馆长：谢居登 馆长，任期：1988年2月-1989年7月；

巫惠民 馆长，任期：1989年7月-1994年8月；

黄启善 馆长，任期：1994年8月-2005年5月；

黄志涛 馆长，任期：2000年5月-2006年2月；

王  頠 馆长，任期：2006年2月—。